Sisäinen raportointi käyttää järjestelmässä syntyneitä työaika-, ajanvaraus-, hoitojakso-, toimenpide- ja laskutustietoja tuottamaan erilaisia hyödyllisiä tilastoja organisaation resurssien hyödyntämisestä. WinHIT sisältää lukuisia erilaisia raportteja. Peruskäyttäjä pääsee katsomaan omia tietojaan, laajemmilla oikeuksilla raportteihin voi valita hakuehdoista mm. eri ammattiryhmiä.
Sisäisen raportoinnin tietoja voidaan käyttää esimerkiksi seuraamaan työntekijöiden tuntimääriä, työajan tehokkuutta, asiakas- ja käyntimääriä, tehtyjä toimenpiteitä, potilaslaskutusta sekä tuntilaskutusta.